不同的药剂有着不同的杀菌机理，这样可以最大化的实现杀菌的效果，也避免了对水质的再次污染，充分保护了水质，给企业带了最好的效益。下面大致了解下关于杀菌灭藻剂的分类和作用效果的信息吧。
非氧化性杀菌灭藻剂是以致毒剂的方式作用于微生物某一特殊部位，从而破坏微生物的细胞或者生命部位达到杀菌目的。
A 氯酚类：如双氯苯酚，五氯苯酚；杀菌机理：氯酚类化合物能吸附在微生物细胞壁上，然后扩散到细胞结构中，在细胞内生成胶态溶液，使蛋白质沉淀，从而破坏蛋白质杀死细菌。
B 季胺盐类：季胺盐类属阳离子表面活性剂，由于其疏水基团含有水溶性基团，提高了季胺盐在水中的分散度，增加了表面活性，加强了杀菌灭藻剂在细菌体内的吸附作用，阻止了细菌的呼吸和糖酵解作用。季胺盐也能使蛋白质变性，使氯和磷化合物从细胞内渗出而导致细胞死亡。
C 季膦盐：主要依靠杂环上的活性部分，如N、H、O与菌体蛋白质中DNA的碱基形成氧健，吸附在细胞上，从而破坏了细胞内DNA的结构导致DNA失去繁殖能力，从而使细胞死亡。
D 杂环类化合物：有机硫化合物，有机胺化合物：主要依靠杂环上的活性部分，如N、H、O与菌体蛋白质中DNA的碱基形成氧健，吸附在细胞上，从而破坏了细胞内DNA的结构导致DNA失去繁殖能力，从而使细胞死亡。
E 有机醛类：如戊二醛，成品浓度50%或25%：起杀菌作用的是醛基，醛基上的氧带负电荷，碳带正电荷。带正电荷的碳与细菌蛋白质的胺基NH:和硫基SH:发生加成反应，从而破坏细菌蛋白质，导致细菌死亡。